Oksygenatoren er den delen i ECMO-kretsen der gassvekslingen foregår. Oksygenatoren gjør det lunge vanligvis gjør: Den overfører oksygen til blodet og CO2 fra blodet. Dette skjer ved at blod sirkulerer på den ene siden av en spesiell membran og en blanding av medisinsk luft og oksygen sirkulerer på den andre siden av membranen. Membranen er sånn konstruert at den slipper igjennom gasser, men ikke væske.

Mengden oksygen som overføres til blodet avgjøres av oksygenkonstrasjonen i gassfasen, FiO2, mens mengden CO2 som elimineres avgjøres av luftgjennomstrømningshastigheten i oksygenatoren: Jo mer luft vi sirkulerer gjennom oksygenatoren, jo mer CO2 fjerner vi fra blodet.

Det er i materialutviklingen av oksygenatormembraner det store fremskrittet i ECMO-teknologi har foregått. Membranen i våre oksygenatorer er lavet av svært småporet (0,05 um) polymetylpenten og har en biokompatibel overflatedekking som gir mindre aktivering av pasientens koagulasjons- og inflamasjonssystem. Til tross for dette ønsker vi alltid å antikoagulere pasientene våre så lenge vi er på ECMO, men i situasjoner med pågående blødning er det mulig å kjøre ECMO-kretsen i flere døgn uten antikoagulasjon.
I tillegg til fibrene som fører luft er det bygget inn i våre oksygenatorer egne, impermbeable fibre som fører varmt eller kaldt vann avhengig om vi vil varme eller kjøle pasienten.
Her er en animasjon av hva som skjer inne i oxygenatoren (første 3,5 minutter)